निम्नलिखित में से अंत: विषयी अनुदेशन का सर्वोत्कृष्ट लाभ यह है कि-

पाठ-योजना बनाने और गतिविधियों में शिक्षकों को अधिक लचीलेपन की अनुमति होती है।

विद्यार्थियों को सीखे गए ज्ञान का बहु-संदर्भों में अनुप्रयोग करने और सामान्यीकृत करने के अवसर दिए जाते हैं

प्रकरणों की विविधता, जिन्हें परंपरागत पाठ्यचर्या में संबोधित किए जाने की आवश्यकता है, से शिक्षकों के अभिभूत होने की कम संभावना होती है

विद्यार्थियों में विभिन्न विषय-क्षेत्रों के विशेष प्रकरणों के प्रति नापसंदगी विकसित होने की कम संभावना होती है